小便时尿道刺痛的主要原因是尿道炎症导致。导致尿道炎症的病原体有细菌，如大肠杆菌、葡萄球菌、分枝杆菌、淋球菌、以及支原体、支原体。发生尿道炎时，还可出现尿道分泌物增多，以及尿道流脓。尿道分泌物病原体培养与药敏试验，可明确病原体的种类，以及对何种抗生素治疗敏感。选择敏感抗生素进行抗感染治疗。配合多饮水，保持充沛的尿量，可获得良好的疗效。若尿道炎是由淋球菌以及支原体、衣原体导致的，传播途径是通过性关系传播，在治疗尿道炎的同时，需要对性伴侣以及配偶也进行适当的诊疗，避免交叉感染发生。