厌氧菌感染的治疗，主要包括药物治疗，手术治疗，但是前提是要建立不利于厌氧菌生长繁殖的环境和抗菌药物的治疗，药物治疗可以选择使用甲硝唑，克林霉素，林可霉素，万古霉素和去甲万古霉素等等抗菌药物，手术治疗的目的主要是破坏厌氧环境，包括局部病灶的切开与引流，坏死组织或无效腔的清除，明显肿胀伴有气体形成的病变组织的减压，以及并存的恶性肿瘤，梗阻，血栓的去除等等。