男性生殖器上长小肉疙瘩原因有很多的，比如单纯性的病毒感染引起生殖器部位的皮肤扁平疣、寻常疣，也有可能是由于局部的毛囊炎、或者息肉、肿瘤等因素。如果之前有过不洁的性行为，还应该考虑是否感染了生殖器疱疹，或者是人体乳头瘤病毒导致的尖锐湿疣。如果之前有过不洁的性生活，首先应该抽血检查血常规，同时检查血清中是否有人体乳头瘤病毒感染。如果是由于人体乳头瘤病毒感染导致的尖锐湿疣，最直接的治疗措施就是采取局部的激光，同时配合免疫调节剂质量。