由于药物不易进入甲板而且指甲生长缓慢，所以甲真菌病治疗比较困难。关键在于坚持用药，外用药物常用于表浅和未累及甲根的损害。先用小刀尽量去除病甲，再涂以30%的冰醋酸溶液或者3%到5%的碘酊，每天两次疗程三到六个月，直到新甲生成为止。也可采用40%尿素软膏封包，使病甲软化剥离，再外用抗真菌制剂，8%环比酮，5%阿莫罗芬甲涂剂，可在指甲表面形成药膜，利于药物穿透甲板。如果外用药物效果不好也可用伊曲康唑间歇冲击疗法治疗。