临床上对于肛周脓肿的治疗，手术切开、排出是基础，同时联合抗感染治疗，也就是抗生素的应用，加强换药。临床上对于肛周脓肿，需要及时的脓肿切开，将脓液充分引出，避免脓液中的细菌、毒素释放进入血液，引起脓毒症状，严重时会导致病人中毒性休克，危及病人的生命。肛周脓肿感染的细菌主要是肠道中的细菌，尤其是粪便的细菌、包括革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌以及厌氧菌，所以在临床上通常选择二代以上的头孢类抗生素联合抗厌氧菌药物，比如甲硝唑或者奥硝唑等治疗。肛周脓肿行切开以后，需要及时加强对表浅肛周脓肿的每日定时换药，位置比较高的深在脓肿通常需要置管引流，持续负压冲洗，从而将脓腔中的脓液充分引流干净。