阿卡波糖胶囊的副作用主要可以引起患者腹胀、排气增加等胃肠道不适。另外，患者如果肝功能检查偏高，口服阿卡波糖胶囊期间，有可能会引起肝功能进一步上升的副作用。因此口服阿卡波糖胶囊期间，患者一定要定期复查肝功的水平，如果转氨酶水平高于正常值两倍以上，则建议暂时停用阿卡波糖胶囊降糖治疗，改用胰岛素控制血糖。另外一些患者口服阿卡波糖胶囊期间，还有可能出现腹泻不适，这时可以减量阿卡波糖胶囊的剂量，如果患者症状缓解欠佳，则建议停用阿卡波糖胶囊。