小儿疱疹性咽峡炎，可以在医生的指导下，服用一些具有清热解毒、抗病毒作用的中成药进行治疗，由于孩子服药比较困难，所以可以选择口服液或者是选择颗粒剂。小儿疱疹性咽峡炎是一种病毒感染性疾病，临床上主要是以抗病毒治疗药物为主。其次，如果患儿出现口腔疼痛的症状时，可以通过使用口腔炎喷剂等药物来缓解症状，期间如果出现体温超过38.5度时，可以服用一些解热镇痛的药物进行降温处理，比如对乙酰氨基酚。对于小儿疱疹性咽峡炎病情比较轻的，也可以不用药物治疗，大部分的患儿可以自愈，而且预后良好。