一般正常人咽部以及扁桃体隐窝内会存在着某些病原体，在正常防御能力下不可能导致发病，当人体抵抗力降低时，病原体会大量繁殖，毒素会破坏隐窝上皮从而使细菌侵入到实质然后出现炎症。急性的扁桃体炎病原体还会通过飞沫或者直接接触进行传染，通常会呈现散发性，偶尔会有集中生活者中爆发流行。