脑血栓应根据不同的病因，发病机制，发病时期，给予服药治疗。急性期时要服用抗血小板聚集药物阿斯匹林或者氯吡格雷以及调脂药物，瑞舒伐他汀或者阿托伐他汀，同时给予脑细胞保护药物，丁苯肽，胞膦胆碱，吡拉西坦等。有高血压，糖尿病，高同型半胱氨酸血症的，要服用降压药，降糖药，降同型半胱氨酸血症药物。有应激性消化道出血的，要给予质子泵抑制剂。急性期过后要长期服用阿司匹林或氯比格雷进行二级预防治疗，同时服用相关药物使血压，血糖，血脂和同型半胱氨酸达到治疗标准，预防脑血栓的再次发生。