肛瘘的治疗主要采用手术治疗，药物治疗效果不佳，必要情况下可以使用全身或者局部抗生素治疗。目前肛瘘的治疗方法主要包括堵塞法和手术治疗，其中堵塞法是对瘘管进行冲洗之后使用生物条或者生物蛋白胶进行填塞，效果不佳，因此一般采用手术治疗。手术治疗肛瘘，应当将瘘管切开或者切除，形成敞开的创面，促进愈合，同时需要注意尽可能减少肛门括约肌的损伤，防止患者在术后出现肛门失禁。常用的手术方式包括瘘管切开术、挂线疗法、瘘管切除术，对于一些病情复杂的肛瘘，手术方式通常也比较复杂，需要由专业的肛肠科医生或者普外科医生来根据具体的病情选择手术方式。当患者出现脓肿形成或者全身感染症状时，可以根据具体的病情使用局部或者全身抗生素治疗，其他的药物对于肛瘘的治疗没有显著意义。