在临床上分为保守治疗和手术治疗，如果是经过临床上保守治疗，没有达到相应的治疗目的，并且相应的囊肿会大于四厘米的情况下，就可以考虑手术给予治疗，但是手术治疗以后有可能会出现复发的现象，必要时还需要继续用药进行治疗，预防复发。保守治疗在临床上是可以用一些解热镇痛的药物，主要是缓解经期下腹部疼痛，另外要注意这类药物有可能会引起胃肠道反应，会导致肝肾功能出现异常，所以如果长期应用还要警惕消化道溃疡的可能性。另外是可以口服避孕药，主要是抑制排卵来减少痛经的可能性，建议在饭后服用，因为有可能会引起胃肠道反应，恶心，呕吐，并且也有可能会导致血栓的风险升高。另外是用孕激素给予治疗，在临床上造成闭经，或假孕的现象，抑制子宫内膜异位症病灶，达到相应治疗目的。