大便时肛门疼痛原因有很多，常见的有以下几种，一，如果患者大便干结，长期的便秘，有时直肠下段将粪便的水分吸干形成粪石，用力排便时大便容易刺激肛管皮肤，有时还可以见到裂口。随着肛门括约肌收缩，有时会导致肛门疼痛。二，如果患者存在肛管直肠癌，有时癌肿侵犯肛门括约肌，也会引起肛门疼痛。三，如果大便时，患者存在耻骨直肠肌痉挛收缩，有时也会导致肛门坠胀不适，排大便不通畅，会引起肛门疼痛，一般通过直肠指诊，必要时行排粪造影或者肛管测压可以协助诊断。