女性小便的时候肚子疼，可能是以下几种原因引起：1、月经期间，女性在月经期间由于生理性的因素，会导致小便的时候肚子疼。2、膀胱炎症。因为女性膀胱离尿道特别近，容易滋生细菌侵入破坏膀胱的内膜组织引发的症状。3、尿道感染。女性如果因为多种因素卫生不清洁，或者是性生活导致尿道炎症，尿道内感染的致病菌，由于致病菌没有得到及时的治疗，会逆行感染引起女性小便的时候肚子疼。建议女性可以做膀胱常规、尿道常规的检查。如果是因为炎症感染引发的小便的时候肚子疼，一般可以选择药物头孢曲松或者甲硝唑治疗。