目前，我国对尖锐湿疣的诊断主要还是靠临床观察。医生的个人经验起到了决定性的作用。亚临床HPV感染病例，由于缺乏实验室诊断方法和统一的诊断标准，无法及早的做出确诊。对HPV感染的诊断应分析患者病史、临床表现及必要的实验室检查。患者一般有婚外性交史或性伴感染史。生殖器、肛周部位出现异常增生物，必要的时候也可进行相应的实验室检查。实验室检查包括醋酸白试验、细胞学检查、组织病理学检查、免疫学检查、核酸杂交试验、聚合酶链反应等等。此外，尖锐湿疣应与生殖器部位其他增生性性病、皮肤病和正常生理性变异相鉴别。