慢性肠炎治疗主要是以饮食生活调理，配合药物缓解病人症状为主。一般腹胀时可以口服伊托必利、莫沙必利或者马来酸曲美布汀等调节肠道动力的药物，口服消化酶片，胰酶片协助消化。腹泻时口服蒙脱石散收敛止泻，双歧杆菌四联活菌片或酪酸梭杆菌片等益生菌调理。也可酌情使用肠胃康分散片或者固本益肠丸等中成药治疗。如果慢性肠炎导致失眠，焦虑，抑郁，可使用圣约翰草或者黛力新等药物调理。所有慢性肠炎患者需要饮食清淡，容易消化，不能进食辛辣刺激食物，不能吸烟饮酒，规律作息，规律进食，避免精神紧张熬夜。