细菌性结膜炎的治疗主要是去除病因和抗感染治疗。在等待实验室结果时，医生可以开始使用广谱抗生素，在确定致病菌后，可给予敏感的抗生素。根据病情的轻重可选择结膜囊冲洗，局部用药，全身用药和联合用药。切勿包扎患眼，暂可佩戴太阳镜以减少光线的刺激。超急性的细菌性结膜炎，治疗应在诊断性标本收集后立即进行，以减少潜在的角膜以及全身感染的发生，局部治疗和全身用药并重。成人急性或亚急性细菌性结膜炎，一般选择滴眼剂，儿童的选择眼用凝胶，眼膏，避免滴眼剂哭泣时随眼泪排出，而且其作用时间更长。慢性的细菌性结膜炎治疗基本原则与急性结膜炎相似，需长期治疗，疗效取决于患者的治疗方案的依从性。