扁桃体发病部位主要在扁桃体，而咽炎主要发病的部位在于咽喉部位，二者在位置上有着本质上的区别，但是扁桃体发炎和咽部发炎都具有一定的贯通性，很有可能在其中一处出现炎症时，另外一处也因此被感染。扁桃体炎和咽炎都会出现喉咙疼痛，肿胀，异物感严重，咳嗽等现象，严重情况下还会导致患者出现声音嘶哑失声等问题，在临床上一般需要利用抗菌消炎类的药物来进行治疗。