目前，子宫内膜异位症的发病机制还未完全明确，比较普遍认可的是子宫内膜种植学说。原因主要是经血逆流，正常情况下月经期月经从宫口经过阴道排出体外。但是少部分的经血会因一部分的原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片由输卵管逆流入腹腔，这些子宫内膜碎片种植在盆腔腹腔，从而形成内膜异位灶。宫腔手术操作导致，常见的剖宫产，早中期妊娠行刮宫术，分娩时行会阴侧切术等等。另外，可能跟遗传因素以及免疫系统的异常有一定的相关性。