引起甲减的病因可以分为原发性甲减，中枢性甲减以及甲状腺激素抵抗综合征三种类型，不同类型的甲减病因也是不同的。引起原发性甲减的病因，有包括如桥本甲状腺炎，无痛性甲状腺炎等等自身免疫性甲状腺炎以及甲状腺切除术，放射性碘131治疗，还有颈部的电离辐射，缺碘和碘过量也都可以引起甲减。治疗甲亢的药物，如果过量的使用，也可以导致药物性甲减。很多先天性的因素，比如甲状腺缺如等，也会导致先天性的甲减等。