阿卡波糖的主要不良反应是胃、肠功能的紊乱，患者可以表现为胃、肠胀气，比如腹胀、腹泻、腹痛和排气增多。主要是由于糖类在小肠内分解及吸收障碍，在结肠内由细菌作用于未吸收的糖类所导致的。另外，阿卡波糖还可以引起肝细胞性的肝损伤，患者可以出现黄疸以及转氨酶的升高，在停药以后可以缓解。少见的不良反应可以出现皮肤反应以及过敏反应，阿卡波糖很少出现低血糖反应，如果一旦出现低血糖反应，应该使用葡萄糖，饮糖水和进食效果比较差，与本品主要是抑制双糖水解有关。