生殖疱疹是单纯疱疹病毒感染，具有一定的自限性，所以会自愈，但机体不能完全清除病毒，所以疱疹又会复发。病毒侵入皮肤粘膜后在局部增殖，形成初发感染，然后长期潜伏于神经节内，逃避人类免疫系统，当机体抵抗力下降时，如发热，感冒，劳累，熬夜，病毒被再次激活，疱疹复发。一般血液中存在的特异性抗体不能阻止病毒复发，目前使用的抗病毒药也不能彻底消灭病毒，而病毒群复杂多变，所以疱疹病毒容易复发。