所有的药物都有副作用，而药物的副作用中，有大部分或多或少对胃肠道有一定的不良影响。有的单纯刺激胃肠道产生不良影响，而感觉恶心、呕吐，如硫酸亚铁、抗酸药、吡喹酮、丙戊酸钠、氨茶碱、抗癌药等。这些都可以引起恶心、呕吐，有的甚至引起腹泻。有的影响胃肠道的微生物平衡，而引起菌群失调导致消化不良。有的直接作用胃肠黏膜，使胃肠黏膜受到损伤，引起药源性胃肠道疾病。这种情况下，空腹服用危害更大。空腹服用时使药物直接作用胃肠黏膜，可使胃肠黏膜出现炎症、溃疡、出血，如非甾体类抗炎药布洛芬、吲哚美辛、萘普生、吡罗昔康、酮咯酸、阿司匹林等。这些均可直接引起胃出血、胃穿孔、十二指肠溃疡、大便潜血等损害。其他如呋塞米、依他尼酸、利血平、吡喹酮、维生素D等，也可诱发消化道溃疡及出血。所以服用这些药物的时候，不能空腹服用，须餐后服用。