萎缩性胃炎的治疗原则主要是消除或者削弱攻击因子，增强胃黏膜，防御改善胃的动力，防治胆汁反流，改善萎缩和预防胃癌的发生。对于增强胃黏膜的防御能力以及消除攻击因子，主要包括，幽门螺旋杆菌根除和应用抑酸剂等等。幽门螺旋杆菌根除包括应用阿莫西林、克拉霉素、痢特灵、甲硝唑等药物中的两种加一种质子泵抑制剂比如奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑等等，加一种胃黏膜保护剂，比如胶体果胶铋等等，四连联合应用，一般治疗两周。另外还可以用一些胃粘膜保护的药物，比如硫糖铝，喜克馈，膜固思达，替普瑞酮，麦滋林，铝碳酸镁等等。