肛门疼痛患者可以口服止痛类药物、抗生素或者改善循环的药物，具体需要结合引起疼痛的原因。在口服止痛药物控制疼痛的同时，还需要针对病因使用药物。对于肛门周围感染所引发的肛门疼痛，例如肛周脓肿、肛周疖肿、肛窦炎等，可以口服广谱抗生素抗炎治疗，临床上常用的药物有左氧氟沙星以及甲硝唑。对于痔疮所引发的肛门疼痛症状，可以口服改善循环的药物，例如地奥司明或者草木犀流浸液片，配合外用痔疮膏、痔疮栓，缓解疼痛症状；对于肛裂所引发的肛门疼痛症状，可以口服润肠通便的药物，保持排便通畅，防止因便秘、大便干燥而加重肛门疼痛症状。