1.根表皮具根毛、无气孔，茎表皮无根毛而往往具气孔。2.根中有内皮层，内皮层细胞具凯氏带，维管柱有中柱鞘；而大多数双子叶植物茎中无显著的内皮层，更谈不上具凯氏带，茎维管柱也无中柱鞘。3.根中初生木质部和初生韧皮都相间排列，各自成束，而茎中初生木质部与初生韧皮部内外并列排列，共同组成束状结构。4.根初生木质部发育顺序是外始式，而茎中初生木质部发育顺序是内始式。5.根中无髓射线，有些双子叶植物根无髓，茎中央为髓，维管束间具髓射线。根与茎的这些差异是由二者所执行的功能和所处的环境条件不同决定的。