慢性结膜炎一般无法彻底根除，慢性结膜炎没有自限性，治疗上比较棘手。可以针对不同的致病原因进行治疗，同时可以给予适当的抗生素滴眼液以及眼药膏。慢性葡萄球菌性结膜炎对杆菌肽和红霉素反应比较良好。其他细菌所属的可以应用广谱抗生素。如果上述用药效果不好，可以经结膜刮片做细菌培养和药敏实验，根据结果调整用药。慢性结膜炎发病的原因包括感染性因素和非感染性因素，比如粉尘和化学烟雾的刺激、眼部长期应用有刺激性的药物、强光刺激、屈光不正、烟酒过度、睡眠不足等，可以针对这些诱因进行调整。