阴茎上发现水疱有可能是包皮龟头炎的反复刺激引起的病变，也有可能由于患者有不洁的性生活导致了病毒的传播，常见的有单纯疱疹病毒感染以及生殖器疱疹病毒，这类都属于性传播疾病，需要进行有效的确诊。建议患者到皮肤性病科或者泌尿外科进行检查。对于有包皮过长的患者，可以先进行包皮环切，从而能够防止龟头炎的再次发生，对于特殊的生殖器疱疹病毒感染的患者，应该进行抗病毒治疗，有抗病毒喷剂以及抗病毒口服的药物，能够干扰到病毒的复制。当疾病康复以后，尽量避免不洁性行为的发生，发现异常的水泡要先排除性传播疾病。