慢性扁桃体炎多由急性扁桃体炎反复发作或者患者全身健康状况欠佳，加之扁桃体表面的分泌物引流不畅，各类细菌病毒滋生感染，从而演变为扁桃体腺窝或扁桃体实质发生慢性炎症，是临床上最常见的咽部疾病之一。某些传染病如猩红热、流感、麻疹等感染后，也可并发慢性扁桃体炎；邻近病灶如鼻腔和鼻窦感染，可以伴发本病。慢性扁桃体炎最常见的致病菌为甲型溶血性链球菌或乙型溶血性链球菌，葡萄球菌等。