肛周湿疹的发病原因，现在并不是特别的清楚，考虑和各种外部因素以及内部因素相互作用有关。主要的外部因素有，比如摩擦，创伤，以及经常穿非棉质的内裤。另外，肛周疾病分泌物的刺激，也会引起湿疹，比如说肛裂，肛瘘，痔疮，直肠黏膜脱垂，肛乳头瘤，肛门失禁等等，因为会引起肛周粘液的分泌增加，有可能也会引起湿疹。另外一些局部环境的不良，比如说湿热以及潮湿。内部因素主要是体质和遗传因素，比如说遗传性过敏体质也容易得湿疹。除此之外，精神因素以及自主神经功能紊乱，比如说精神紧张，失眠，焦虑都可以诱发湿疹。