强直性脊柱炎的病因迄今并不十分明确，一般认为，本病是一组多基因遗传病。除与MHCⅠ类基因HLA-B27高度相关外，可能还和HLA区域内以及HLA区域外的其他基因以及某些基因多态性相关，迄今已发现28种以上的HLA-B27亚型，流行病学资料表明，AS与B2704、B2705和B2702呈正相关，而与B2709和B2706呈负相关，环境因素中，一般认为AS和泌尿生殖道沙眼衣原体、某些肠道病原菌如志贺菌、沙门菌、结肠耶尔森菌等感染有关。推测这些病原体激发了机体的炎症应答和免疫应答，造成组织损伤而引起疾病。