氟康唑临床上一般不用来治疗灰指甲。氟康唑临床上通常用来治疗念珠菌病、隐球菌病、球孢子菌病。像念珠菌病多发生在口腔、胃肠道、阴道等附近，而灰指甲主要是由皮肤癣菌感染引起，其次才为酵母菌以及霉菌引起。皮肤癣菌主要包括红色毛癣菌、须癣毛癣菌以及絮状表皮癣菌，其中红色毛癣菌是首要感染因素。所以临床上治疗灰指甲，一般应用的口服药物是特比萘芬以及伊曲康唑。药物治疗上可以选择像冰醋酸溶液进行外涂，也可以配合像环吡酮以及阿莫罗芬进行治疗。