肾结石出现疼痛主要原因为：1、肾脏粘膜损伤：肾结石具有可移动性，肾结石在肾脏内移动会导致肾脏粘膜受到损伤以及出血，所以患者会觉察到肾脏区域有隐痛感。2、急性梗阻：肾结石若是卡在肾盂和输尿管交界部位，会导致肾脏里面的尿液无法通过输尿管及时排出体外，而在肾脏内处于高压状态，患者也会出现明显的肾绞痛。3、肾结石合并感染：肾结石合并感染，肾脏收到慢性炎症刺激，会引起肾被膜的充血、水肿，肾区也可能会出现疼痛感。