米非司酮的副作用主要是胃肠道反应，最常见的是恶心、反胃、食欲不振，甚至有呕吐。因为米非司酮要求空腹服用，而空腹服用对胃的刺激性会更明显，所以这些反应可能会比其他的药物更加严重。另外，因为米非司酮主要是作为药流使用的，用之后还有可能会导致胎囊萎缩，从子宫壁分离。因此有可能会有肚子疼，下坠感，甚至有少量的出血。如果体质特别敏感，还有可能让胎囊提前从子宫排出来。