病因不是非常明确，可能与家族遗传、内分泌代谢因素、环境因素、精神因素等有关。偏头痛具有遗传的易感性，60%以上的偏头痛患者有家族史，如果一个人患偏头痛，家属出现偏头痛的风险是一般人群的3-6倍。临床上女性的偏头痛患者会比男性多3倍，原因可能考虑是因为内分泌和代谢的因素，尤其是和女性激素水平是有关系的。青春期的女性发病尤其明显，而且常常是在月经期发作，在妊娠期和绝经后发作会减少或者不再发作。一部分的食物也会诱发偏头痛的发作，比如含酪胺的奶酪，含亚硝酸盐的肉类，腌制的食品，巧克力、葡萄酒以及咖啡因含量比较高的饮料均可诱发偏头痛。还有的患者可能与工作和生活压力过大，紧张、情绪不稳定，都可以诱发偏头痛的发作。