指甲盖上有小坑有以下几种因素：第一，内部因素。主要是因为指甲盖营养不良，可能是缺少微量元素或者是其他营养物质导致。第二，环境因素。比如长期的进行重体力的劳动，或者是户外作业，经常受到太阳的暴晒，从事和有机化学有关的工作，都有可能会导致手指甲受到化学物品的影响。第三，外部因素。比如存在银屑病，银屑病早期的时候，会在指甲盖的表面出现密集的凹陷症状，也有可能是受到真菌感染导致的灰指甲。