支原体感染时，大环内酯类抗菌药物为首选药物，如红霉素，罗红霉素和阿奇霉素等，氟喹诺酮类，如左氧氟沙星，加替沙星和莫西沙星等，以及四环素类也可用于肺炎支原体的治疗，疗程一般为2到3周，因肺炎支原体无细胞壁，青霉素或头孢菌素类抗菌药物无效。若继发细菌感染，可根据病原学检查选用针对性的抗菌药物治疗，大部分支原体感染具有自限性，多数病例不经治疗可自愈，但是使用恰当的抗菌药物可以减轻症状，缩短病程。支原体不同于细菌，也不同于病毒，种类繁多，分布广泛，造成的危害相当大，其中肺炎支原体引起肺炎，人形支原体、解脲支原体和生殖器支原体主要引起泌尿生殖道感染。