慢性结肠炎主要包括肠结核，炎症的肠炎病。肠结核是结核杆菌引起的慢性肠道感染，主要使用抗结核药物治疗，疗程一般是半年到九个月。炎症性肠病包括，溃疡性结肠炎和克罗恩病，可以选择是氨基水杨酸类的药物治疗，是治疗本病的常用药物。还可以使用糖皮质激素，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳的轻、重型患者，特别适用于重型或活动期的患者及爆发型的患者。如果对糖皮质激素治疗效果不佳，或者对糖皮质激素依赖的慢性活动性的病例，可使用免疫抑制剂，疗程需要一般是两年，有许多患者需要终身维持治疗。