肠道功能紊乱患者并无器质性病理改变，主要通过精神调节和改变行为等方式，才能从根本上调整胃肠道功能紊乱。患者如出现反酸、嗳气、腹痛、腹胀等症状时，可以适当给予一些保护胃黏膜的药物，如铝碳酸镁、奥美拉唑等，以及促进胃肠蠕动的药物，多潘立酮、莫沙必利就是不错的选择。当患者出现腹泻，可以适当的加用止泻药物，如蒙脱石散、洛哌丁胺等。便秘的可以给予泻药，常用的是乳果糖、果导片。此外还可以服用肠道菌群调节药，对腹胀和腹泻均有一定的疗效。有明显精神症状的患者，应适当给予抗焦虑或抗抑郁治疗。