治疗痤疮的口服药物往往用于中度和重度的痤疮患者，往往是外用药物无效的患者可以选用口服药物。常用的系统治疗药物有抗生素，抗生素用于治疗痤疮丙酸杆菌以及非痤疮丙酸杆菌耐药的情况，常常选用四环素类抗生素，例如米诺环素胶囊、多西环素片等药物。还有维甲酸类的药物，例如异维A酸胶囊，对于抑制异常角化和黑头粉刺的形成，并抑制痤疮丙酸杆菌，对于结节性、囊肿性、聚合性痤疮效果较好。还有对抗雄激素类药物，比较适用于女性雄激素异常引起的痤疮患者，包括口服避孕药和螺内酯。