临床上绝大多数的肾囊肿是良性病变，在体积较小时，是不会产生相应的临床体征，因此是没有危害。如果肾囊肿壁出现结节，肾囊肿内有分隔或者出现软组织肿块时，是需要引起警惕，有可能是有恶变的倾向，因此是需要积极的手术治疗。另一方面如果肾囊肿直径大于四厘米时，往往会出现腰腹部胀痛，高血压，甚至压迫肾脏集合系统引起肾积水等，也是需要行手术治疗。目前临床上，手术方式主要是腹腔镜下肾囊肿破囊去顶术。