慢性肠炎可以选择抗结核药物、氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂或者是肠道微生态制剂等药物进行治疗。慢性肠炎的症状主要是腹痛、腹胀、腹泻、便秘，或腹泻与便秘交替，还会出现排便次数增多，排出糊状便、粘液便、粘液脓血便或鲜血便等，严重的患者会出现发热、营养不良等全身症状，可以做肠镜检查明确诊断。慢性肠炎主要包括肠结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等。肠结核需要选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病可以选择氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等进行治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。