针对于细菌性痢疾的治疗，主要是服用进行抗生素的抗菌治疗。一般选择喹诺酮类的药物，以及阿奇霉素、头孢菌素类药物，还有青霉素类的药物，疗程一般3~5天，其中喹诺酮类药物可以选择环丙沙星、左氧氟沙星、加替沙星等，头孢菌素类药物可以选择头孢克罗、头孢蒙多、头孢呋辛、头孢吡胺、头孢哌酮等。另外还可以选择中成药制剂，比如黄连素，能够抵抗细菌性痢疾的细菌，并且还可以适当服用一点益生菌，比如双歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素片，能够调整紊乱的肠道的菌群的平衡。