引起肛瘘的主要原因是肛周脓肿。肛周脓肿破溃或切开引流后会形成肛瘘，主要来源是肛窦处肛腺感染，炎症逐渐蔓延，在肛周形成肛周脓肿，破溃口形成肛瘘外口，肛窦处形成内口，脓腔纤维化，后期腔内上皮化形成瘘管。肛门、直肠外伤，金属异物、骨性异物及肛门镜检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口会引起肛瘘。克罗恩病等非特异性炎症，也可以引起肛瘘。恶性肿瘤、糖尿病、白血病、淋巴肉芽肿等也可以引起肛瘘。