肾囊肿的治疗主要是看肾囊肿的大小，肾囊肿，如果没有任何症状，而且它的囊肿直径小于四厘米，可以密切随访，不予治疗。如果肾囊肿的大小超过了五厘米，或者怀疑肾囊肿有出血，或者是囊肿并发肿瘤(囊性肾癌)，那可以进行手术治疗。单纯的囊肿，可以在腹腔镜下微创手术，如果患者年龄大或者不耐受手术或不愿意手术者，可以在超声引导下细针穿刺囊肿，抽取血液，用无水与酒精破坏囊壁，也可以收到部分效果。