头孢曲松钠副作用主要有过敏、产生耐药菌以及产生真菌和导致肾功能不全。当患者使用头孢曲松钠进行抗感染的同时，患者可能会出现过敏，主要表现为患者出现皮肤瘙痒或者皮疹，患者还会导致出现过敏性休克，主要表现为使用头孢类药物的时候，患者出现血压下降、胸闷、呼吸困难和头晕的症状，是需要及时抢救的。过量的使用头孢曲松钠还会出现急性肾功能不全，主要表现为患者出现少尿、无尿和水肿，生化提示患者的肌酐以及尿素氮明显的身高，需要进行保肾治疗。