治疗甲状腺功能亢进症的药物一般不会影响肾功能。目前治疗甲状腺功能亢进症的药物主要有两类，一类是咪唑类药物，一类是硫脲类的药。咪唑类的代表药物甲巯咪唑，主要通过胃肠道吸收，通过尿排泄，主要的不良反应是皮疹、白细胞减少、贫血、肝功能损害、味觉的减退、恶心呕吐、关节痛等等，对肾脏的影响罕见。硫脲类的药物主要是丙硫氧嘧啶，主要的不良反应可见头痛、眩晕、关节痛、淋巴结肿大、粒细胞减少或者是缺乏。