肾囊肿严重时，其产生的临床症状和肾囊肿的大小，肾囊肿的部位，肾囊肿是否出现恶变，以及肾囊肿是否合并感染是有关。临床上体积较小的囊肿，是不会产生任何临床症状。如果肾囊肿体积较大时，往往会引起腰腹部酸胀，如果肾囊肿位于肾窦内时，会压迫到肾脏的血管，严重时会导致继发性高血压，继发性肾积水。而如果肾囊肿合并感染时，严重时会引起发热，腰腹部疼痛，用手叩击肾脏时疼痛症状会更加的明显。而如果肾囊肿恶变时，会导致肉眼血尿。临床上，在患有肾囊肿时，是需要定期的复查泌尿系统超声检查。