在射精时阴茎里面出现疼痛的原因可能为痉挛的因素和感染的因素。在剧烈的性活动之后，高潮发生时盆底肌会出现痉挛的情况，这个时候有可能会在阴茎内存在疼痛的现象，如果偶尔的出现不必过于的担心，也不必特殊的处理。另外如果出现感染性的因素，那么在射精时也有可能会出现疼痛的现象，出现疼痛可以进行尿常规、精液常规、泌尿系彩超等相应的检查，排除其他相关疾病，针对病因进行相应的治疗，治疗期间禁忌辛辣刺激性食物。