急性结肠炎时，如果考虑细菌感染所引起，应口服头孢类或喹诺酮类抗生素抗菌治疗，同时可口服蒙脱石散收敛止泻，口服双歧杆菌四联活菌片或者酪酸梭杆菌片等益生菌调理。口服消化酶片协助消化，改善食欲，减轻腹泻的表现。考虑真菌导致的急性结肠炎予以氟康唑或者制霉菌素抗真菌治疗。如果考虑急性溃疡性结肠炎，需要根据其疾病的严重程度以及是否有并发症来综合判断，一般轻度的急性溃疡性结肠炎可口服美沙拉嗪。中重度溃疡性结肠炎，需要使用糖皮质激素或者硫唑嘌呤等免疫抑制剂，甚至直接使用生物试剂如英夫利昔单抗。