心肌肥厚型心肌病的药物治疗可以选择倍他受体阻滞剂，包括美托洛尔、比索洛尔，可以改善心室的舒张功能，减少左心室流出道的梗阻。另外，可以控制心室率，使舒张期延长而缓解症状。也可以使用非二氢吡啶类的钙拮抗剂，对于缓解左心室的舒张功能，以及控制心室率也有相应的作用。如果患者合并有心率衰竭，可以使用血管扩张剂、利尿剂，甚至可以使用正性肌力的药物。对于合并由房颤可以使用胺碘酮，对于房颤进行控制，肥厚型心肌病的患者要避免剧烈运动以及搬重物，屏气等动作，防止猝死的发生。